L’AJAFEC est une association apolitique, confessionnellement neutre, sans but lucratif. Elle est régie par des statuts.

L’association est composée d’un comité se réunissant tous les mois, ceci afin de donner suite aux besoins tels que financiers, de soutien ou d’encadrement. Le comité entretient des contacts réguliers avec les assistants sociaux des hôpitaux de Bâle et de Berne, où les enfants jurassiens sont généralement hospitalisés. Dès lors, des partenariats et des facilitateurs peuvent être trouvés pour soutenir et décharger les familles affaiblies par la situation de leur enfant malade.

L’association tient une assemblée générale annuelle, où les lignes directrices et actions annuelles sont votées par les membres. Les différentes manifestations organisées tout au long de l’année sont organisées par les membres responsables du comité et une pléiade de bénévoles sont présents pour donner un coup de main.